预防RNase污染,应注意以下几方面
1.经常更换新手套,因为皮肤经常带有细菌,可能导致RNase污染。
2.使用无RNase的塑料制品和枪头避免交叉污染。
3.RNA在裂解液RL中时不会被RNase降解。但提取后继续处理过程中应使用不含RNase的塑料和玻璃器皿。玻璃器皿可在150℃烘烤4 h,塑料器皿可在0.5 M NaOH中浸泡10 min,然后用水彻底清洗,再灭菌,即可去除RNase。
4.配制溶液应使用无RNase的水(将水加入到干净的玻璃瓶中,加入DEPC至终浓度0.1%(V/V),高压灭菌)。
使用前注意事项
1.裂解液 RL:使用前请添加 300ul 巯基乙醇,添加过巯基乙醇的裂解液 4℃保存。
2.裂解液 RS:使用前请于 50℃水浴将裂解液完全回溶,并添加 450ul 巯基乙醇;添加过巯基乙醇的裂解液RS 继续保存于-20℃(建议将添加过巯基乙醇的裂解液 RS 于无酶管分装成小量,再保存于-20℃)。
3.溶液 BC:使用前请添加 30ml 无水乙醇。
4.漂洗液 PW:使用前请向添加 64ml 无水乙醇。
5.为确保 RNA 的品质及产量,应尽量收取新鲜的动物组织进行 RNA 提取,或将组织立即以液氮冷冻,储存于-70℃,组织亦可保存在 RANstore 样本保存液(目录号:TR38)中。
6.凤梨和兰花推荐采用“裂解液 RL”。
操作步骤
一、裂解液 RL 操作步骤:
1.匀浆处理
50-100 mg 植物叶片在液氮中迅速研磨成粉末,加入 450ul RL(使用前请先检查是否已加入 β-巯基乙醇),涡旋剧烈震荡混匀,并于 56℃孵育 3 分钟。
注意 1:在 56℃孵育 1-3 min 将有助于植物组织裂解,但是对于某些富含淀粉的样品,请不要加热处理,防止因淀粉引起的样品膨胀现象。
注意 2:由于植物多样性非常丰富,而且同种植物的不同生长发育阶段和不同组织的 RNA 含量都不相同,请根据具体实验情况选择合适的植物材料的用量。
2.将所有溶液转移至过滤柱 CS1 上(过滤柱 CS1 放在收集管中),12,000 rpm(~13,400×g)离心 2-5 min,小心吸取收集管中的上清至 RNase-Free 的离心管中,吸头尽量避免接触收集管中的细胞碎片沉淀。
注意:由于裂解液较粘稠,所以将溶液转移至过滤柱时,可以剪去部分吸头末端。
3.缓慢加入 0.5 倍上清体积的无水乙醇,混匀(此时可能会出现沉淀),转至“RNA 提取”步骤。
4.将所得“裂解液/乙醇混合液”(含沉淀),移取至吸附柱 CR1 中(吸附柱 CR1 放入收集管中),12,000 rpm(~13,400×g )离心 30-60 sec,倒掉收集管中的废液,将吸附柱 CR1 放回收集管中。
注意:将溶液和沉淀转移至吸附柱 CR1 时,如果体积大于吸附柱容量,可以分次完成。
5.向吸附柱 CR1 中加入 500ul 溶液 RW,12,000 rpm (~13,400×g )离心离心 1 min,丢弃滤液,将吸附柱CR1 放回收集管中。
6.DNase Ⅰ降解。
每一纯化反应,请将 80 ul DNase 消化液与 10ul DNaseⅠ预先混合在新的离心管(轻弹或翻转离心管以混合均匀,请勿震荡),将 90 ul “DNaseⅠ工作液”加入至吸附柱的膜中心,于室温(25~28℃)孵育15 分钟。
注意:如同时操作多组样本,请使用前现配新鲜的 DNaseⅠ工作液,请勿预先配制保存 DNaseⅠ工作液。
7.向吸附柱 CR1 中加入 500μl 溶液 RW,12,000 rpm(~13,400×g)离心 1 min,倒掉收集管中的废液,将吸附柱 CR1 放回收集管中。
8.向吸附柱 CR1 中加入 600μl 漂洗液 PW(使用前请先检查是否已加入乙醇),12,000 rpm(~13,400×g) 离心 1 min,倒掉收集管中的废液,将吸附柱 CR1 放回收集管中。
9.重复操作步骤 8。
10.12,000 rpm(~13,400×g)离心 3 min,将吸附柱 CR1 置于室温放置数分钟,以彻底晾干吸附材料中残余
的乙醇。
注意:此步骤目的是将吸附柱中残余的漂洗液去除,离心后将吸附柱 CR1 在室温放置片刻,以充分晾干。如果有漂洗液残留,可能会影响后续的 RT 等实验。
11.将吸附柱 CR1 转入一个新的 RNase-Free 离心管中,加入 30-100 μl 无酶双蒸水至吸附柱的膜中心,室温静置 2 min,12,000 rpm(~13,400×g)离心 1 min,得到 RNA 溶液。
注意:洗脱缓冲液体积不应少于 30 μl,体积过小影响回收效率;RNA 溶液请于-70℃保存。
二、裂解液 RS 操作步骤
1.匀浆处理:50-100 mg 植物叶片在液氮中迅速研磨成粉末,加入 450 μl 裂解液 RS(使用前请先检查是否已加入 β-巯基乙醇),立即涡旋剧烈震荡混匀,并于 56℃孵育 5-10 分钟,每隔一段时间可翻转混合离心管。
注意:由于植物多样性非常丰富,而且同种植物的不同生长发育阶段和不同组织的 RNA 含量都不相同,请根据具体实验情况选择合适的植物材料的用量。
2.加入 150ul 的溶液 GP 至裂解液中,混合均匀,于冰上孵育 5 分钟,12,000rpm(~13,400×g)离心 5 min。
注意:溶液会呈现雾状,为界面活性剂、蛋白质、多糖及二次代谢物的沉淀物。
3.移取上清液至过滤柱 CS1 上(过滤柱 CS1 放在收集管中),12,000 rpm(~13,400×g)离心 2 min。
4.小心吸取收集管中的上清至新的 RNase-Free 离心管中,吸头尽量避免接触收集管中的细胞碎片沉淀。
5.向溶液中加入 1.5 倍体积的溶液 BC(已添加无水乙醇),以震荡或移液器吸吐混合均匀。
注意:加入溶液 BC 后会形成丝状沉淀物,不影响 RNA 提取。
6.移取混合液(连同沉淀物一起)至吸附柱 CR1(吸附柱 CR1 放在收集管中),12,000 rpm(~13,400×g) 离心 1 min,丢弃滤液,将吸附柱 CR1 放回收集管中。
注意:如果混合液体积大于吸附柱容量,可以分次完成。
7.向吸附柱 CR1 中加入 500ul 溶液 RW,12,000rpm(~13,400×g)离心 1min,丢弃滤液,将吸附柱 CR1 放回收集管中。
8.DNase Ⅰ降解。
每一纯化反应,请将 80 ul DNase 消化液与 2ul DNaseⅠ预先混合在新的离心管(轻弹或翻转离心管以混合均匀,请勿震荡),将 82 ul “DNaseⅠ工作液”加入至吸附柱的膜中心,于室温(25~28℃)孵育15 分钟。
注意:如同时操作多组样本,请使用前现配新鲜的 DNaseⅠ工作液,请勿预先配制保存 DNaseⅠ工作液。
9.向吸附柱 CR1 中加入 500μl 溶液 RW,12,000 rpm(~13,400×g)离心 1 min,倒掉收集管中的废液,将吸附柱 CR1 放回收集管中。
10.向吸附柱 CR1 中加入 600 μl 漂洗液 PW(使用前请先检查是否已加入乙醇),12,000 rpm(~13,400×g)离心 1 min,丢弃滤液,将吸附柱 CR1 放回收集管中。
11.重复操作步骤 10。
12.12,000rpm(~13,400×g)离心 3 min,将吸附柱 CR1 置于室温放置数分钟,以彻底晾干吸附柱中残余的乙醇。
注意:此步骤目的是将吸附柱中残余的漂洗液去除,离心后将吸附柱 CR1 在室温放置片刻,以充分晾干。
如果有漂洗液残留,可能会影响后续的 RT 等实验。
13.将吸附柱 CR1 转入一个新的 RNase-Free 离心管中,加入 30-100 μl 无酶双蒸水至吸附柱的膜中心,室
温静置 2 min,12,000 rpm(~13,400×g)离心 1 min,得到 RNA 溶液。
注意:洗脱液体积不应少于 30μl,体积过小影响回收效率。为了增加产量,可将步骤 13 得到的 RNA 溶液再加入吸附柱 CR1,放置 2min,12,000rpm(~13,400×g)离心 1min,得到 RNA 溶液。RNA 溶液-70℃中保存。
附录:从高度黏稠性的富含多酚及多糖成分的样本中提取 RNA
樟科植物样本,在裂解后粘稠度高、移取困难,可直接于过滤柱中进行裂解,以减少移液器吸取的步骤。
1.将过滤柱 CS1 于冰上预冷,秤取不超过 30mg 的样本组织,于液氮中迅速研磨,并将研磨的样本直接转移至预冷的过滤柱 CS1 里(过滤柱 CS1 放在收集管中)。
2.加入 600ul 裂解液 RS(已添加巯基乙醇)至过滤柱,于 60℃金属浴孵育 10 分钟。
3.12,000 rpm(~13,400×g)离心 5 min,将收集管中的滤液移取至新的 1.5ml 离心管,请避免吸取到沉淀物。
注意:有些样本可能会堵塞过滤柱,可再次离心,或将管柱中剩余的裂解液移至新的过滤柱 CS1 再次离
心。
4.加入 1/3 倍体积的溶液 GP 至滤液中,混合均匀,于冰上孵育 5 分钟,12,000 rpm(~13,400×g)离心离心 5 min,将上清液小心转移至新的 1.5ml 离心管,不要触碰或移取固体沉淀。转至上面“操作步骤5”。